Zumaiena Ikastetxearen kudeaketa elkarri loturik dauden bi ideietan oinarritzen da. Alde batetik, kalitatezko sistemetan oinarritutako kudeaketan eta bestalde eguneroko lanaren gardentasunean.
Gure hezkuntza estiloaren gardentasuna eta eraginkortasuna bermatzeko Maria eta Jose Ikastetxean betidanik erabili dira kudeaketa sistema berritzaileenak. Horrela 1999 urtean, E.F.Q.M. (erabateko kalitaterako kudeaketa sistema) eredua ezartzen hasi ginen eskolako jarduera guztietan.
Eredu hau ikasle eta gurasoen behar eta itxaropenak asetzera bideratuta dago, beti ere datuetan oinarriturik.
Bide honetan aurrera egiten ari garenaren adierazle dira, 2008 eta 2012an Bikaintasunaren inguruan emandako urratsak aitortuz eman dizkiguten diplomak.
Kudeaketaren beste ezaugarrietako bat prozesu guztien gardentasuna da. Batetik, Ikastetxeko ikuspegia, estrategiak, helburu nagusiak eta hauen hedapena urteko planean denen eskura ditugu eta foro desberdinetan azaltzen ditugu. Bestalde, benetako gardentasuna bultzatzen dugunaren adierazle urtero egiten ditugun diru kontuen kanpo ikuskatzeak (auditoriak) dira.